精灵的分布与栖息地特性紧密相关，不同环境会刷新特定种类的精灵。双子岛最深处藏着冰系神兽急冻鸟，需要推动岩石挡住急流才能抵达；火焰山山顶固定刷新火系神兽火焰鸟；而电系神兽闪电鸟则潜伏在无人发电站深处。这三只传说鸟类的出现位置与它们的属性完美契合，探索时记得带上对应属性的精灵应对战斗。
水系精灵主要分布在各类水域，杰尼龟只能从博士处获得初始形态，蚊香蝌蚪和玛瑙水母在普通水域就能钓到，而小海狮则专属栖息在双子岛附近海域。使用不同等级钓竿会影响垂钓结果，比如鲤鱼王在任何水域都能用低级钓竿捕获，但想钓到暴鲤龙就必须使用高级钓竿。红莲岛和金黄市的水域还藏着呆呆兽、墨海马等特殊水系精灵。
陆地精灵的分布呈现明显区域化特征，常磐森林是虫系精灵绿毛虫和独角虫的聚集地，华蓝市周边草地能遇到火系的小火龙。尼比市附近的月见山藏着化石精灵菊石兽和化石盔，而超梦山洞穴则是鬼斯、勇吉拉等超能系精灵的活跃区域。狩猎区作为特殊地点，内部按地形划分了不同精灵群落，比如入口处能遇到肯泰罗和皮卡丘，音速区则刷新着赫拉克罗斯等稀有精灵。
超梦藏在超梦山洞最深处，红莲岛建筑物内的梦幻需要取得秘密钥匙才能遇到。三圣鸟中的急冻鸟和闪电鸟分别位于双子岛与发电站，而三圣柱则分散在岛屿草丛、发电站周边等区域。记得在捕捉神兽前准备好黄金喷雾和增加遭遇率的道具，49级精灵带队能有效提升探索效率。部分神兽如洛奇亚和凤凰需要船票前往特定岛屿才能遭遇。
